Οδηγίες για τους φορολογικούς ελέγχους δίνει αναλυτική εγκύκλιος του Χάρη Θεοχάρη, προκειμένου όπως αναφέρεται να γίνεται «ορθή» εφαρμογή των σχετικών νόμων. Μεταξύ άλλων ξεκαθαρίζει ότι:Ο έλεγχος της εκπλήρωσης των φορολογικών υποχρεώσεων μπορεί να έχει τη μορφή του φορολογικού ελέγχου από το γραφείο της Φορολογικής Διοίκησης ή του επιτόπιου φορολογικού ελέγχου.
Η Φορολογική Διοίκηση στις περιπτώσεις που διενεργεί φορολογικό έλεγχο από το γραφείο της, αξιοποιεί κάθε στοιχείο που έχει στην κατοχή της όπως, οικονομικές καταστάσεις, δηλώσεις και λοιπά στοιχεία που υποβάλλει ο φορολογούμενος καθώς και οποιοδήποτε έγγραφο ή πληροφορία περιήλθε από τρίτους.
Στις περιπτώσεις που η Φορολογική Διοίκηση αποφασίζει να διενεργήσει πλήρη επιτόπιο φορολογικό έλεγχο πρέπει, την απόφασή της αυτή, να τη γνωστοποιήσει στον φορολογούμενο πριν την επίσκεψη του ελεγκτή στις εγκαταστάσεις του φορολογουμένου.
Σημειώνεται ότι είναι δυνατόν ύστερα από πράξη του Γ.Γ.Δ.Ε. να διενεργείται πλήρης επιτόπιος φορολογικός έλεγχος χωρίς προηγούμενη ειδοποίηση, σε περιπτώσεις που υπάρχουν ενδείξεις ότι έχει διαπραχθεί φοροδιαφυγή.
Η Φορολογική Διοίκηση δύναται να προβαίνει μετά από έλεγχο σε έκδοση πράξης διόρθωσης οποιουδήποτε προηγούμενου άμεσου, διοικητικού, εκτιμώμενου ή προληπτικού προσδιορισμού φόρου, εφόσον από τον έλεγχο διαπιστωθεί αιτιολογημένα ότι ο προηγούμενος προσδιορισμός φόρου ήταν ανακριβής ή εσφαλμένος.
Σε ότι αφορά τους «προληπτικούς ελέγχους» σημειώνονται μεταξύ άλλων τα εξής:
Από 1.1.2014 μεταξύ άλλων καταργήθηκαν:
α. Η υποχρέωση τήρησης ασφαλών πληροφοριών (πρόσθετα βιβλία) από ορισμένες κατηγορίες υπόχρεων π.χ. ιατροί, εκπαιδευτήρια, συνεργεία κλπ.).
β. Η έκδοση δελτίου αποστολής για τις διακινήσεις αγαθών.
Ύστερα από τα ανωτέρω απαιτείται κατά τον έλεγχο των υπόχρεων που είχαν υποχρέωση τήρησης ασφαλών πληροφοριών να ζητούν πληροφορίες από τους εξερχόμενους πελάτες για τις υπηρεσίες που τους παρείχαν οι παραπάνω επαγγελματίες φορολογούμενοι και στη συνέχεια να ελέγχουν αν εκδόθηκαν τα προβλεπόμενα από τον Κ.Φ.Α.Σ. στοιχεία.
Περαιτέρω κατά τη διακίνηση των αγαθών θα εξετάζεται αν είχαν εκδοθεί αντίστοιχα στοιχεία αξίας (τιμολόγια ή Α.Λ.Π.) ή έγγραφα μη τιμολογηθέντων αγαθών.